Nachdem die Spielgemeinschaft sich über ein paar Jahre hinweg bewährt hatte, wurde jedoch auch sie wieder auseinandergerissen, da ein Großteil der Aktiven zum Militärdienst berufen wurde. Durch den dann folgenden Krieg (1939) kam der Spielbetrieb total zum Erliegen.

Der Krieg hat dann auch in den Reihen des FV Marbach große Lücken gerissen. Als nach dessen Beendigung nach und nach einige Spieler heimgekehrt waren, schlossen sich diese dem FC Kirchdorf an, da es zu einer eigenen Elf nicht reichte (1946). Am 2. Juli 1949 erfolgte die Wiedergründung des FV Marbach im Gasthaus zur Linde. Die treibende Kraft hierzu war der leider allzu früh verstorbene Eduard Schaumann. Der Gründungsversammlung entsprang folgende Vorstandschaft; 1.Vorsitzender Friedrich Zimmermann, 2.Vorsitzender Anton Grießhaber, Schriftführer Karl Stetter, Kassier Emil Berger.

Die erste Mannschaft nahm den Spielbetrieb in der B-Klasse (heute Kreisklasse A) wieder auf und errang auf Anhieb den Aufstieg in die A-Klasse (die heutige Bezirksliga). Schon im Jahre 1952; wohl einem der erfolgreichsten in der Geschichte des FV Marbach, konnte man mit dem Titel eines A-Klassen-Meisters aufwarten und zudem noch den begehrten Bezirkspokal gewinnen. Da jedoch der Verein in finanzieller Hinsicht nicht auf Rosen gebettet war, musste man auf den Aufstieg in die 2. Amateurliga (heute Landesliga) verzichten.

Im Jahre 1953 konnte man erneut den Bezirkspokal gewinnen.